Não, não é a mesma coisa.
O agachamento é um movimento em que a pessoa saca uma barra carregada nas costas e flexiona quadris e joelhos até atingir uma profundidade mínima, depois do que já começa a estender ambas as articulações para retomar a posição ereta.
Durante todo o gesto, seu sistema nervoso central (SNC) está “negociando” com as diversas cadeias musculares, com informação vindo do sistema sensório-motor e voltando em forma de ativação muscular, para manter a chamada linha da gravidade. Observe as figuras abaixo. Independente de como é feito o agachamento, sua estabilidade (e, portanto, eficiência e segurança) se dá pela manutenção desta linha imaginária entre o centro de massa e o suporte (onde a pessoa está em pé, ou o meio dos pés).
O agachamento é um dos exercícios executados em “forma livre” e com “peso livre”, o que quer dizer que todas estas ações de equilibrar-se para garantir a eficiência das alavancas que moverão o peso são feitas com liberdade, pois o peso não está preso a nada e percorre a trajetória que o praticante quiser.
Já a Smith Machine é uma máquina de movimento guiado. A barra só pode percorrer a trajetória determinada pelo trilho onde está presa, independente da relação que tenha, a cada momento, com a base (meio dos pés) do levantador.
Todas as ações e reações do SNC do praticante descritas acima não podem acontecer, pois o peso não é livre. Para levantadores experientes, a Smith Machine é lesiva, pois o gesto automatizado fará com que ele procure comandar a barra e se machuque. Para praticantes inexperientes, ela apenas inibe o processo natural de aquisição de proficiência, melhora técnica e de força no agachamento. Ela é um “deseducador” de um movimento natural.
Se você não tem um rack de agachamento livre, eu daria preferência a agachamentos frontais e overhead leves, agachamentos unilaterais com dumbbell e kettlebell do que usar a Smith Machine.
Ela só serve para uma coisa: estragar um movimento com o qual todo ser humano nasce proficiente.